(一)建立健全征地补偿费专户管理制度
征地补偿费包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费，是对被征地农民和农村集体经济组织失地的补偿。管好用好这项资金，就是维护农村集体经济组织和农民的经济权益，也是保证农民收益和促进农民增收的一项重要措施。
国务院《关于深化改革严格土地管理的决定》(国发〔2004〕28号，以下简称《国务院决定》)要求，“使被征地农民生活水平不因征地而降低”，“使被征地农民的长远生计有保障”，“在征地过程中，要维护农民集体土地所有权和农民土地承包经营权的权益”。各级农业部门和农村经营管理部门要高度认识这项工作的重要性，按照《国务院决定》的原则，切实保障农村集体经济组织和农民的合法权益，按照新的《村集体经济组织会计制度》加强对征地补偿费的核算，严格按照专户存储、专账管理、专款专用的原则规范管理，实行专户管理制度，设置专门的账册，单独对征地补偿费收支使用的原始凭证装订成册。已实行村级财务委托代理制的地方，要在乡(镇)农村经营管理站设立专户，统一结算，使用和管理情况要定期向农民公开，接受村民主理财小组和农民群众的民主监督和上级业务主管部门的审计监督。
(二)规范征地补偿费会计核算内容和程序
1、明确分配范围和性质。
要认真贯彻落实《国务院决定》精神，积极参与制定土地补偿费在农村集体经济组织内部的分配办法，确保土地补偿费主要用于被征地农民上。2005年以后新增土地补偿费的分配比例省级人民政府已有明确规定的，按照规定执行;没有明确分配比例的，要按照国务院规定明确。土地补偿费应主要用于被征土地的农民生产生活需要。留归被征地农民部分的土地补偿费归农民个人所有，要充分尊重被征地农民的意愿，不得强迫农民参加商业保险;留归农村集体经济组织的土地补偿费属农民集体资产，应当用于发展生产、增加积累、集体福利、公益事业等方面，不得用于发放干部报酬、支付招待费用等非生产性开支。地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。2004年以前的土地补偿费，没有分配的，仍归农村集体经济组织管理使用，原则上不得用于个人分配。
2、分配使用报批程序及账务处理。
土地补偿费的分配、使用预算方案要经农村集体经济组织成员大会或成员代表大会批准，事后要将土地补偿费的实际开支、管理情况向农村集体经济组织成员大会或成员代表大会报告。留归农村集体经济组织的土地补偿费要严格按照《村集体经济组织会计制度》规定，全部统一纳入公积公益金科目进行核算，并设立土地补偿费专门账户，统一进行管理。当土地补偿费使用的财务事项发生时，经手人必须取得有效的原始凭证，注明用途并签字(盖章)，交民主理财小组集体审核。经审核同意后，由民主理财小组组长签字(盖章)，报经村集体经济组织负责人审批同意并签字(盖章)，由会计人员审核记入专户账目。经民主理财小组审核确定为不合理开支的事项，开支不得入账，有关支出由责任人承担。财务流程完成后，要按照财务公开程序进行公开。
(三)建立健全土地补偿费使用的民主监督机制
1、全面落实将土地补偿费的使用和管理情况纳入农村财务公开和民主管理内容的规定。土地补偿费的使用和分配要按有关规定经过民主讨论，实行民主决策，民主管理，民主监督。经批准使用的土地补偿费日常开支监督由民主理财小组负责，村民主理财小组有权检查审核土地补偿费财务账目，有权对不合理开支进行否决，有权代表农村集体经济组织成员对账目不清的开支提出质疑，有权要求农村集体经济组织负责人及财会人员对土地补偿费专户管理的财务问题做出解释。收支和分配情况要定期向本集体经济组织成员公布，做到公开、公平、公正;要切实维护农民群众对土地补偿费的知情权、决策权、参与权、监督权。凡是集体经济组织成员要求了解的土地补偿费财务运行情况，都要及时逐项逐笔进行公布，对群众提出的问题，集体经济组织负责人有义务及时给予解答和解决，并将结果向群众公布。各级农村经营管理部门要指导和帮助农村集体经济组织管好用好土地补偿费。
2、建立土地补偿费专项审计制度。各级农村经营管理部门和农村审计机构要定期对农村集体经济组织土地补偿费的拨付、管理和使用情况进行专项审计。县、乡两级农村经营管理部门和农村审计机构，要切实建立并落实好对农村集体经济组织土地补偿费的审计监督，审计结束后，要及时将审计结果向群众公布。对于审计中查出的问题，要按照《中共中央办公厅、国务院办公厅关于健全和完善村务公开和民主管理制度的意见》要求，“在审计中查出侵占集体资产和资金、多吃多占、铺张浪费的，要责令其如数退赔;涉及国家工作人员及村干部违法违纪的，需要给予党纪政纪处分的，移交纪检监察机关处理;构成犯罪的，移交司法机关依法追究当事人的法律责任。”对查出挪用或私吞征地补偿费的，要责成责任人将挪用或私吞的征地补偿费用如数退还给集体;涉及国家工作人员及村干部违法乱纪的，要提出处理意见，移交纪检监察部门处理;对于情节严重、构成犯罪的，移交司法机关依法追究当事人的法律责任。农村经营管理部门和农村审计机构在搞好专项审计的同时，还要坚持和完善定期审计工作。各地要结合农村财务管理信息化建设，开发和建立征用农村集体土地补偿费管理和使用情况的计算机网络监控体系，及时跟踪监控土地补偿费的拨付、管理和使用情况。
(四)加强领导，切实履行好征地补偿费管理指导工作的职责
农业部门和农村经营管理部门要充分认识加强征地补偿费监督管理的必要性、艰巨性，把此项工作列入农村财务工作重点。要切实加强村级财务管理，完善财务制度，严格监管征地补偿费的分配使用。要及时研究和解决征地补偿费管理工作中出现的新情况、新问题，采取有效措施加强征地补偿费用的管理，确保征地补偿资金的安全完整。农业部门和农村经营管理部门要高度重视征地补偿费的分配和使用的指导工作，帮助农村集体经济组织建立健全征地补偿费使用管理的规章制度，积极指导农村集体经济组织制定征地补偿费分配办法。加强对农村集体经济组织征地补偿费专项公开和民主管理工作的指导和督促检查。对于不公开或假公开的集体经济组织，要组织专人帮助其清理账目，并监督其进行收支公开。
