农村征地补偿协议究竟是契约行为还是行政行为，是民事合同还是行政合同，这在学界还是有争议的。由于我国并没有制定统一的行政合同法，对于什么是行政合同没有形成一个明确的区分标准。根据行政法学者应松年的观点，行政合同是以行政主体为一方当事人的发生、变更或者消灭行政法律关系的合意。

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十五条第三款规定：“市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征用土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征用土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征用土地的农村集体经济组织和农民的意见。征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后,由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决。征地补偿、安置争议不影响征用土地方案的实施。”根据该规定，征收土地方案属于行政机关依法履行的职权内容，征地补偿协议的内容是“补偿标准”而非“征地”。概而言之，农村征地补偿协议系指根据行政部门批准的征用土地方案，由土地行政主管部门与农村集体经济组织就征地补偿的补偿方式、补偿金额及支付方式、青苗及土地附着物补偿、违约责任和纠纷处理方式等达成的权利义务安排。征地维权

征地补偿协议具有下述法律特征：首先，农村土地征收属于行政征用的范畴，行政征用是指国家出于公共利益的需要，依据法律规定，按照法定的程序，以行政强制的方式取得行政相对人的财产所有权或者其他物权，并给予公平、合理补偿的一种具体行政行为。其次，协议主体是土地行政主管部门和农村集体经济组织，即村民委员会。第三，协议标的是征地补偿安排。征地补偿安排的达成体现了民主协商性，由被征地农村集体经济组织就协议主要内容经村民大会或者村民代表大会等民主程序形成书面决议，但集体经济组织内部因征地补偿而产生的纠纷不能对抗征地补偿协议。较后，集体经济组织的村民不是征地补偿协议的主体，村民与集体经济组织达成的补偿约定具有相对性，不能对抗征地单位，村民无权就征地补偿协议直接提起诉讼。

农村征地补偿协议的法律性质的厘清，关键是要区分好两组关系，一是征地的当地政府与集体经济组织达成的征地补偿安排，二是集体经济组织和村民之间协商达成的征地补偿安排。实践中，确实存在集体经济组织非经法定程序，违背村民意愿做出意思表示。根据法理和立法，无论是行政行为还是契约行为，都具有相对性，因此农村征地补偿协议考量的是集体经济组织与征地地方政府之间的法律关系，而非集体经济组织内部或村民与征地地方政府之间的法律关系。