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在房屋拆迁过程中，当事人之间较大的争议往往并不是拆迁是否符合公共利益，而是补偿的数额是否合理、是否到位。所以，补偿标准如何确定至关重要。通行也是比较可行的做法是由拆迁户和被拆迁户共同选择一个评估机构，以评估价格为基础协商确定拆迁补偿的最终数额。但被拆迁户往往对自己选择的评估机构作出的评估价格不满意，觉得评估价格太低，无法补偿自己的损失。这主要有以下两方面的因素：
首先，我国目前的拆迁补偿评估体系不够科学，房屋估价机构很难做到完全的中立和独立，在评估过程中往往忽视土地使用权的价值，且更多地考虑房地产商的利益，导致评估价格过低。有不少地方是执行政府指导价，并不是参照周围类似房屋的价格进行评估，难免导致评估价格过低。
其次，被拆迁户认识存在误区。一是没有考虑土地使用权的期限。按照《房地产估价规范》规定，土地使用年限是估价的一个重要因素。房地产价值主要体现在土地使用权上，同一地段同一建筑结构同一面积的房屋，如果土地使用年限不同，其价格会有很大差异。吴苹要求同等面积产权调换的要求并不完全合理，因为新房的土地使用权期限将重新计算(一般为70年)，远比原房的土地使用权余期要长。二是没有正确认识评估时点。
我国的地权结构与世界上的其他许多国家并不一致，城市的土地所有权完全归国家所有，房屋所有人仅享有土地使用权。按照土地管理法规定，取得土地使用权的方式是划拨或出让两种方式。但是，由于历史原因，在落实私房政策时，私房的土地使用权的取得既不是划拨方式也不是出让方式，而是“自然取得”方式。1990年4月《国家土地管理局关于城市宅基地所有权、使用权等问题(给最高人民法院民事审判庭)的复函》中解释：“我国1982年宪法规定城市土地归国家所有后，公民对原属自己所有的城市土地应该自然享有使用权。”自然取得和划拨取得的国有土地使用权是无限期使用，而出让取得的土地使用权是有限期使用。出让取得的土地使用权拆迁时可以得到补偿，而划拨取得的土地使用权拆迁时没有补偿。自然取得的国有土地使用权如果被视作是划拨取得，拆迁时就得不到补偿。但是，不对私人丧失“自然取得”的土地使用权进行补偿，将导致私人财产的减少和生活质量的下降，显然是不合理不公平的。所以关于“自然取得”土地使用权或者基于事实享受土地使用权的房屋所有权人是否应就土地使用权部分获得补偿，补偿多少也是一个值得关注的重要问题。
国家是土地的所有权人，被拆迁户是土地的使用权人，具有一定期限的使用权。所有权的行使应该受限于用益物权，不能以行使所有权为由随意剥夺用益物权。在土地使用权期限届满前，政府欲将土地使用权转让给开发商，就得从被拆迁人手中购回余期土地使用权。但是我国的拆迁制度并不是这样设计的，而是政府先把土地使用权转让给开发商，然后由开发商和被拆迁户双方去“搏斗”，开发商还得向被拆迁户支付丧失土地使用权损失的费用，等于支付了双重费用。交易结构的不合理在一定程度上影响了补偿标准的确定，加剧了房地产商和被拆迁户的矛盾。物权法也仅规定征收房屋所有权的问题，而没有对征用土地使用权作出规定，这不能不说是一个缺憾。
被拆迁户不能就拆迁补偿纠纷向法院提起民事诉讼，也是房屋拆迁问题矛盾突出的一个重要因素。最高人民法院《关于当事人达不成拆迁补偿安置协议就补偿安置争议提起民事诉讼人民法院应否受理问题的批复》规定：“拆迁人与被拆迁人或者拆迁人、被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议，就补偿安置争议向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理，并告知当事人可以按照《城市房屋拆迁管理条例》第十六条的规定向有关部门申请裁决。”上述规定限制了被拆迁户就拆迁补偿安置获得司法救济的权利。中国人民大学教授张新宝认为，拆迁补偿协议不遵循自愿原则，但在补偿安置的方式和数额等方面则应在法律规定的范围内遵循等价有偿原则。笔者认为，政府为了公共利益可通过法定程序决定征收公民的房屋，对房屋是否拆迁被拆迁人没有选择的自由，不管被拆迁人是否愿意，相关机构都有权依法拆除;拆迁补偿协议虽不遵守自愿原则，但拆迁人和被拆迁人对补偿安置的方式和数额有异议时，法律应允许他们之间的拆迁补偿纠纷通过司法程序予以解决，这样可以解决政府既是当事人又是裁判人的问题，缓解被拆迁人和政府之间的矛盾。
补偿标准的确定需依赖中介机构的权威评估，而评估的科学、合理、准确除了需要评估人员的专业水准外，更需要靠科学合理的评估规范。发展独立的中介机构和建立规范的评估体系是确定补偿标准的有益之策。
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