原因一：改制企业的资产结构形式各异。一是原企业的国有资产部分未全部退出，仍占新企业资产总和的三分之二以上；二是原企业的国有土地使用权未重新办理出让手续；三是新企业在土地使用权方面由于无力交纳土地出让金，为完成改制任务，在土地使用权上产生了新的租赁使用权证。上述三种资产结构应当是属于一个不彻底的改制形式。

原因二：改制企业的劳动用工五花八门。一是原企业职工的集体或全民劳动合同关系未能完全解除：二是新企业对原企业职工的劳动合同关系没有接续或重新办理聘用合同，造成新企业劳动者的身份不明确；三是改制后的新企业中部分劳动者成为公民股民，但大部分职工未能参股，在新的企业中未能形成完全的市场化运作模式。

原因三：改制企业的借贷关系错综复杂。一是原企业向所在单位职工集资有息借贷，企业改制时未能在原企业资产评估值中剥离，形成泡沫资产；二是原企业在经营过程中形成的借欠贷款延续至新企业，造成新企业债务累累；三是原企业向金融机构的贷款在改制时未能及时归还，形成诸多不良资产。上述三种错综复杂的借贷关系造成改制企业资不抵债。

原因四：改制企业的管理职能概念模糊。一是被改制企业的主管部门未能完全摆脱行政干预，对企业的分配方式、劳动人事关系仍保留传统的统配统调制度，改制企业失去相应的自主调配权；二是由于改制企业资产结构复杂，地方政府持股50%以上的国有土地使用权股金，保持了行政干预新企业自主经营的支配权；三是形式上的董事会未能行使其基本职能，在新企业中没有完全承担自主经营，自负盈亏的股份制企业管理模式。上述三种概念模糊的管理模式形成了一个地道的改制不彻底的所谓股份制企业。

以上分析的改制企业拆迁难的原因，一方面，导致了拆迁实施单位在拆迁操作过程中无从实施。按照拆迁政策规定，无法对改制企业的被拆迁房屋及附属物施行估价。如：房屋的区位价，如果没有土地使用权，仅有房屋，那么对该类被拆房屋如何估价，如何作出合理的拆迁补偿呢?我们通常是采取只补偿房屋本身的重置结合成新部分，一般不考虑区位价的补偿，结果导致改制企业的职工群体上访。另一方面，对原国有资产未能全部退出的单位，企业职工要求行政不要干预，错误地认为国有资产的拆迁补偿金应由改制企业职工自主处理，否则又是群体上访。再者是，按《公司法》讲，改制企业的职工分流安置应由改制企业自主承担，结果在拆迁过程中涉及单位职工的医保、社保等问题却仍然交给地方政府，处理不妥，又是一个造成群体上访的不稳定因素。